통계 분석 너머 R의 무궁무진한 활용(에이콘 데이터 과학 시리즈)

★ 이 책에서 다루는 내용 ★



■ 데이터에서 결과물까지 모든 것을 연결

■ RStudio, 니터, 알마크다운, 팬독

■ R Shiny를 활용한 웹 애플리케이션 제작

■ 인터랙티브 데이터 시각화를 위한 자바스크립트 라이브러리를 R 패키지로 변환하는 htmlwidgets

■ 클라우드에서의 R 사용법

■ 도커(Docker) 컨테이너에서의 R과 RStudio, Shiny 사용법



★ 이 책의 특징 ★



■ 최소한의 R 코드 사용

■ 통계를 넘어선 넓은 차원의 R 사용법

■ R 재현 가능 연구 도구와 관련된 최신의 내용까지 망라

■ 오피스웨어에 갖힌 사고의 틀 해방

■ 하나의 소스파일로 생각할 수 있는 모든 문서 생산: 워드 문서, 웹 페이지, PDF, 웹 사이트, 대시보드, 웹 애플리케이션, 웹 북 등

■ 학생, 작가, 연구자, 개발자까지 모두를 위한 R 활용서



★ 이 책의 구성 ★



제 1부: 다이내믹 문서

제 1부에서는 이 책에서 소개하는 방법의 원리와 그것을 가능하게 해 주는 중요한 니터, 알마크다운 R 패키지, 팬독을 설명한다. 그리고 이런 기능들을 잘 활용할 수 있는 작업 공간을 마련해 주는 RStudio 통합 개발 환경에 대해 설명한다. 간단한 문서를 사용하여 가볍게 시작할 수 있도록 하였다.



제 2부: 다양한 포맷의 문서

제 2부는 제 1부에서 설명한 원리를 사용하여 가장 기본이 되는 문서 포맷을 설명한다. 하나의 보고서를 작성하는 경우에는 이렇게 하나의 파일로 이루어진 문서들이 유용할 것이다. 이런 문서들을 모아 웹 사이트나 웹 북 등과 같이 복잡한 문서들도 만들 수 있기 때문에 기본 내용들을 잘 숙지하는 것이 좋다. 이 밖에도 우리 주변에서 흔히 사용되는 HTML, PDF, Word 문서를 만드는 방법과 조금 생소할 수도 있는 프레젠테이션 만드는 방법을 설명한다.



제 3부: 인터랙티브 툴(shiny와 htmlwidgets)

제 3 부에서는 사용자 인터랙티브 툴을 소개한다. R을 사용하여 강력한 웹 애플리케이션을 구현할 수 있는 샤이니(Shiny) 패키지를 자세하게 설명한다. 이 책에서 샤이니에 관련된 모든 것을 설명할 수는 없지만 비교적 최근까지 개발된 내용을 정리하여 설명한다. 샤이니를 Rmd 파일에 포함시켜 사용하는 방법도 자세하게 소개한다.

최근 들어 데이터 시각화의 중요성과 맞물려 데이터 시각화와 관련된 수많은 자바스크립트 라이브러리들이 개발되었다. 이 책에서는 이런 자바스크립트 라이브러리들을 R 패키지로 만드는 htmlwidgets 패키지의 원리를 간략하게 소개했다. htmlwidgets으로 개발된 패키지들은 매우 많기 때문에 일일이 설명하기 어렵다. 하지만 이는 해당 패키지 자료를 참고하면 되기 때문에 이 책에서는 그 원리만 설명했다.



제 4부: 복합 문서

제 4부에서는 제 2부에서 다룬 기본적인 포맷들을 바탕으로 좀 더 복잡한 것들을 만드는 방법을 소개한다. 그 예로는 웹 사이트, 깃북과 같은 웹 북, 대시보드 등을 들 수 있다.



제 5부: 클라우드와 도커에서 R의 사용

제5 부에서는 R을 클라우드에서 사용하는 방법을 설명한다. 이 책에서는 대부분 웹과 관련된 내용을 다루고 있는데, 이런 것들은 개인 컴퓨터를 넘어 인터넷, 클라우드 환경에서 사용될 때 더욱 큰 가치를 지닌다. 비록 엔터프라이즈 수준의 환경에는 못 미치지만 그렇게 되기 위한 연습은 될 수 있을 것이라 생각한다.

또한 제5 부에서는 도커 환경에서 R을 사용하는 방법을 설명한다. 도커는 컨테이너라는 개념을 사용하여 마이크로 환경에서 소프트웨어들이 실행될 수 있는 환경을 제공한다. 이런 기능들은 클라우드 등으로 옮겨 사용할 수도 있다. 이런 연습을 통해 R을 좀 더 넓은 환경에서 사용하는 개념을 이해할 수 있을 것이라 생각한다.

1부. 다이내믹 문서



1장. 다이내믹 문서의 기초와 RStudio 통합 개발 환경

__다이내믹 문서

____다이내믹 문서 제작의 원리

____코드와 텍스트를 섞어 사용

____두 번의 컴파일

____재현 가능 저술의 간단한 역사

____다이내믹 문서 제작 환경 설정

__처음 만드는 다이내믹 문서

____.Rmd 파일 생성

____소스파일과 렌더링 결과 비교하기

__다이내믹 문서를 위한 RStudio 활용

____새로운 .Rmd 파일 생성

____전체 문서의 목차와 접기 기능

____RStudio 프로젝트 기능

____깃 버전 관리

____엑셀 등에서 데이터 읽기

____필요한 파일로 바로 이동

__servr 패키지를 사용한 자동 렌더링과 리로딩

__다이내믹 문서 제작에 대한 정보

__이 책이 다루는 범위와 필요한 배경 지식

__정리



2장. Rmd 소스파일로 시작하기

__YAML 헤더

____문서 포맷을 정하는 output 필드

____코드 청크

____마크다운 텍스트

__문서의 렌더링 다시 보기

____YAML 헤더, rmarkdown::render(), 템플릿

__문서 변환기로서의 팬독

____어떻게 마스터할 것인가?

____비전문가의 R을 포함한 컴퓨터 학습(나의 경험)

____R 언어를 시작하는 방법

____웹의 언어 배우기

__정리



3장. 니터 패키지

__니터 패키지의 개괄적인 기능

____코드 청크

____문서를 렌더링할 때 실행되는 R 세션

____니터 객체, 패턴, 훅의 개념

__니터의 옵션

____청크 옵션의 역할과 그것을 이해하는 방법

____청크 옵션 설정법

____문서 전체에 적용되는 청크 옵션 설정 방법

____프로젝트 파일 전체에 적용되는 청크 옵션 설정 방법

____패키지 옵션

__소스 코드와 관련된 옵션들

____소스 코드 실행

____소스 코드 출력

__텍스트 출력에 영향을 미치는 옵션들

__에러, 경고 등의 처리

__플롯을 조절하는 옵션들

____그래픽 시스템과 그래픽 디바이스

____이미지 저장 장소와 파일 이름

____이미지 크기

____이미지의 캡션

____이미지 링크

____이미지 배치

____저장된 이미지들의 출력

____사진 등 일반 이미지 넣기

____한글이 들어간 플롯

____.Rnw(레이텍 + 니터)에서의 플롯 옵션들

__니터 패키지에 들어 있는 유틸리티 함수들

____표 만들기: kable() 함수 등

____이미지, 웹사이트, 샤이니 앱 넣기 위한 함수

____동적 콘텐츠에 대한 스크린샷

__정리



4장. 팬독

__팬독 문서 변환기

__팬독 마크다운

____YAML 헤더

____단락(Paragraphs)

____제목(Headers)

____블록 인용

____있는 그대로(Verbatim)

____행 블록(Line blocks)

____목록(Lists)

____정의 목록(Definition List)

____수평선(Horizontal rules)

____표(Tables)

____백슬래시 이스케이프

____스마트 문장기호

____인라인 포맷팅

____윗첨자, 아랫첨자

____수식

____HTML, 레이텍 직접 쓰기(Raw)

____링크

____그림 삽입

____주석 달기

____참고 문헌과 인용 표시

__정리



2부. 다양한 포맷의 문서

5장. HTML 문서와 R 노트북

__HTML 문서

____output 필드

____목차와 제목

____탭으로 구분되는 섹션

____이미지 조정

____코드와 관련된 옵션들

____문서의 스타일과 관련된 옵션들

____.Rmd 소스 파일

____코드 하일라이트

____하나의 독립된 파일로

____중간 마크다운 파일 유지

____보조 파일 부르기

____공유하는 output 필드

____사용자 정의 템플릿 사용하기

____팬독 커맨드라인 옵션

__R 노트북

____RStudio에서 노트북 사용하기

____결과물의 저장

__파라미터를 가진 .Rmd 문서

__정리



6장. WORD 문서

__워드 문서 포맷 지정하기

__목차

__워드 포맷 스타일 지정하기

____레퍼런스 워드 문서에 스타일 입히기

__레퍼런스 워드 파일 사용

__스타일 이외의 설정

__워드 파일에 참고 문헌 삽입

__워드 포맷에서의 표

__여러 파일로 나눠 작업하기

____번호 부여와 목차

__정리



7장. PDF 문서

__.Rnw와 .Rmd의 차이

__출력 포맷과 레이텍 엔진

__프리앰블(Preamble) 구성하기

____한글 사용

__목차, 목차의 깊이, 번호

__그림과 관련된 옵션

__코드 하일라이트

__중간 .tex 파일 남기기

__공유 출력 템플릿 옵션

__정리



8장. 프레젠테이션

__슬라이드 구성을 위한 팬독 문법

__ioslides 프레젠테이션

____제목 처리

____로고 삽입

____슬라이드 레벨 정하기

____목록의 순차적 표시

____와이드 스크린 모드.

____슬라이드 전환 속도

____폰트를 작게

____커스텀 CSS

____표 만들기

____슬라이드 레이아웃 설정하기

____텍스트의 색

____reveal.js 웹 프레젠테이션

____RStudio에서 revealjs 시작하기

____슬라이드 레벨과 reveal.js의 특징

____슬라이드 내용 상하정렬, 테마, 이동, 배경 조절하기

____슬라이드 배경 조절하기

____그림 크기 조절

____커스텀 CSS 설정법

____오리지널 reveal.js의 옵션 설정

____플러그인의 사용

__Beamer PDF 슬라이드

__정리



3부. 샤이니 웹 애플리케이션과 htmlwidgets 패키지



9장. Shiny 웹 애플리케이션의 기초

__샤이니 패키지란?

____패키지 설치, 작업 환경, 유용한 정보원

__처음으로 만들어 보는 샤이니 앱

__샤이니 앱의 작동 방식

____샤이니 반응성 프로그래밍

____샤이니 패키지에서 사전 정의된 주요 객체와 서버함수

____샤이니 앱 코딩 패턴

__샤이니 앱의 여러 가지 형태

____01_hello 앱에 대해

____전통적 복수 파일을 사용한 샤이니 앱

____하나의 파일로 작성하는 샤이니 앱

____.Rmd 파일에서 사용하는 샤이니 앱

__샤이니 작성의 실제 워크플로(개인적인 권고사항)

____샤이니를 위한 R 언어 지식

____비표준 함수

____대화형에서는 잘 사용되지 않는 함수들

__정리



10장. 샤이니 반응성 프로그래밍

__입력 위젯

____숫자 입력용 위젯

____문자열 입력 위젯

____항목 중에서 선택

____날짜, 파일 등 특수한 입력 위젯

____actionButton 위젯

__결과 출력

____출력에 관여하는 서버 함수들과 사용자 인터페이스 함수들

____그래프 출력

____표로 출력하기

____텍스트 출력

__입력과 출력을 반응성으로 연결하기

____샤이니 반응성 관계의 성립

____가장 간단한 체인

____반응성 표현식이 필요한 경우

__정리



11장. 샤이니 반응성 프로그래밍

__반응성 프로그래밍 모델

____샤이니 반응성 객체

____반응성 체인: 반응성 소스, 반응성 종점

____반응성 표현식과 관찰자

__반응성 메커니즘 차근차근 이해하기

____연결된 코드의 상태

____코드가 실행되는 과정

__반응성 로그 시각화 툴 사용하기

__서버 코드의 실행과 변수의 스코프

__반응성 체인의 조절

____isolate() 함수

____observeEvent(), eventReactive() 함수

____reactiveValues() 함수

____반응성 함수들의 이용 사례

__정리



12장. 샤이니 애플리케이션 레이아웃

__부트스트랩 그리드 시스템 이해하기

__샤이니 레이아웃 함수의 개념

____fluidPage와 행, 열의 배치

____sidebarLayout 사용

____탭셋과 내비게이션 바

__샤이니 테마 사용

__정적인 콘텐츠의 구성

__HTML 템플릿 사용

____전체 페이지 형태의 HTML 템플릿

____페이지의 일부 컴포넌트로 사용

__정리



13장. 샤이니 인터랙티브 플롯

__샤이니 플롯 인터랙션의 기초

__정적인 플롯에 대한 인터랙션 사례

__두 번째 사례

__플롯에서 값 읽기

__활용하기



14장. htmlwidgets 프레임워크

__htmlwidgets 패키지란?

__htmlwidgets로 패키지를 만드는 방법

____기본 순서

____htmlwidgets로 hello world 출력 패키지 개발

____sigma.js 라이브러리를 R 패키지로 만들어 보기

____원래의 라이브러리 사용법 익히기

____R 패키지로 변환해 보기

__htmlwidgets 패키지의 사용

__정리



4부. 복합 문서



15장. 정적인 웹사이트

__간단하게 만들어 보는 웹사이트

__웹사이트 만드는 과정

___site.yml 파일

___output.yml 파일에 출력 포맷 정의

__콘텐츠 넣기

__서버에 올리기

__정리



16장. 대시보드

__패키지 설치하고 사용하기

__대시보드 레이아웃의 기초

____컴포넌트: ###과 하나의 열

____열 또는 행의 구분: ----- 또는 ##

____탭셋: {.tabset}

____페이지 구분: ==== 또는 #

__특수한 레이아웃

__크기 결정

____컴포넌트의 폭과 높이가 결정되는 방법

____패딩(padding)

__컴포넌트: 실질적인 콘텐츠

____htmlwidgets

____정적인 R 플롯

____표

____밸류 박스

____게이지

____내비게이션 바

____주석 텍스트

__대시보드 스타일, 로고, 파비콘 등

__flexdashboard에서 샤이니 앱 사용하기

____샤이니 사용을 위한 기본

____플렉스 박스에 맞춘 샤이니 앱

____flexdashboard에 샤이니 앱을 적용한 사례들

__정리



17장. 책을 위한 북다운 패키지

__bookdown 패키지 설치

__깃북(gitbook) 실제로 만들어 보기

__중요한 역할을 하는 세 가지 파일

_____bookdown.yml: 전체 프로젝트 정의

____index.Rmd 파일의 YAML 헤더

_____output.yml에서 출력 포맷 결정

__북다운 패키지의 렌더링 과정의 이해

__책에 들어가는 콘텐츠

____장절의 구성

____상호 참조 만들기

____그림에 대한 상호 참조

____표에 대한 상호 참조

____다른 장, 절에 대한 상호 참조

____북다운에서 확장된 환경들과 상호 참조

__국제화

__책의 출력 포맷

____깃북 스타일

__bookdown.org 사이트

__정리



5부. 클라우드와 도커

18장. 클라우드 환경에서 R 사용하기

__DigitalOcean 가입과 가상 서버 만들기

____회원가입

____가상 서버(드롭플릇) 만들기

____가상 서버에 로그인하기

____그 다음에 할 일

__우분투 가상 서버(드롭플릿)에 R과 R 패키지 설치

__드롭플릿에 RStudio 서버, 레이텍, Shiny 서버 설치하기

____RStudio Server 설치

____Shiny 서버 프로그램 설치

____레이텍 설치

__가상 서버에 NGINX HTTP 서버 설치하기

____서버에 파일을 올리기

__도메인 구입과 네임 서버 설정

__서버 프로그램들의 사용법

____RStudio 서버의 사용

____Shiny Server 관리

____엔진엑스 HTTP 서버 관리

__엔진엑스로 리버스 프록시 설정

__정리



19장. 도커 환경에서 R, RStudio 사용

____도커(Docker) 배우기

____까다롭다고 느껴질 수 있는 개념

__rocker 프로젝트

____rocker와 기본 도커 명령들

____rocker/r-base 사용

____rocker/rstudio 사용

____rocker/shiny 사용하기

____데이터 볼륨과 실행 컨테이너에 접근

____rocker/hadleyverse와 재현 가능 저술 환경 구축

____도커 파일(Dockerfile) 다루기

____도커를 사용하여 웹 서버 설치하기

__정리

고석범 저자 고석범은 가톨릭대학교 의과대학을 졸업한 신경과 전문의다. 병원에서 느끼고 배운 것을 바탕으로 컴퓨터를 공부했다. 융합을 하려면 자신부터 융합되어야 한다고 생각한다. 지금은 병원을 떠나 바이오 벤처 회사의 대표직을 맡고 있다. 미래의 가치 기반 의료를 지원하는 헬스케어 플랫폼을 제공하기 위해 (주)시클리드를 창업했다.

저서로는 에이콘출판사에서 출간한 『R과 Knitr를 활용한 데이터 연동형 문서 만들기』(2014)가 있으며, 번역서로는 『R과 Shiny 패키지를 활용한 웹 애플리케이션』(2014), 엑셀을 이용한 머신 러닝에 대해 설명한 『Data Smart』(2015), 웹 프레임워크 중 하나인 미티어(Meteor)에 관련된 『미티어 인 액션』(2016)이 있다.