사업자를 위한 세무조사 가이드북

● 매년 수많은 사업자가 세무조사를 받습니다. 2024년 한 해에만 법인사업자 약 4,861건, 개인사업자 약 3,836건의 조사가 이루어졌습니다. 사업을 하는 이상 세무조사는 누구도 비껴가기 어렵습니다.
● 국세청의 조사 역량은 갈수록 정교해지고 있습니다. 전자세금계산서, 현금영수증, 금융정보가 실시간으로 축적되고 빅데이터로 분석됩니다. 매출 누락이나 가공경비는 과거보다 훨씬 쉽게 드러납니다.
● 이 책은 사업자에 대한 세무조사를 법인세 조사, 종합소득세 조사, 사업장별 부가가치세 조사의 세 갈래로 나누어 정리했습니다. 각 조사는 서로 연결되어 있어 한 세목에서 발견된 문제가 다른 세목으로 확대되곤 하므로, 유형별 특성에 맞는 대응이 필수입니다.
● 총론 부분에서는 세무조사가 어떻게 시작되고 진행되는지, 납세자는 어떤 권리를 가지고 있는지 등 모든 세무조사에 공통적으로 적용되는 기본 사항을 설명합니다. 각론 부분에서는 법인·개인·부가가치세 조사 유형별로 조사대상자 선정 기준, 조사 진행 과정, 종결과 불복 절차까지 단계별로 제시합니다.
● 이 책은 세무조사를 가장 가까이서 다뤄 온 전문가들이 함께 썼습니다. 국세청 출신 변호사와 세무사, 현직 국세청 사무관, 회계법인의 세무 전문 회계사가 참여하여, 조사하는 쪽의 기준과 대응하는 쪽의 전략을 모두 아는 시각으로 안내합니다.
● 세무조사는 사업자에게 부담스러운 절차입니다. 하지만 미리 알고 준비하면 충분히 대응할 수 있습니다. 이 책이 세무조사를 앞둔 사업자 여러분의 든든한 길잡이가 되기를 바랍니다.

[주제요약]
사업자에 대한 세무조사의 3대 유형(법인세·종합소득세·부가가치세)을 체계적으로 정리하고, 사업자가 세무조사를 제대로 이해하고 효과적으로 대응할 수 있도록 돕는 실전 가이드

Q1. 어떤 내용을 다루고 있나요?
- 세무조사 총론 : 세무조사의 전체 흐름, 절차, 납세자 권리 등 기본 사항
- 법인세 조사 : 조사대상자 선정 기준, 조사의 시작과 진행, 종결까지 단계별 대응 방법
- 종합소득세 조사 : 개인사업자 조사의 특성, 추계조사와 조사 이후 후속 부담
- 부가가치세 조사 : 사업장 단위 조사의 특징과 매출·매입 항목별 점검 사항
- 세금계산서 범칙조사 : 가공·거짓 세금계산서 수수에 대한 범칙조사와 처벌
- 언론보도 사례 : 언론에 보도된 실제 조사 사례로 보는 조사 실무

Q2. 누가 읽으면 좋을까요?
- 세무조사 통지를 받았거나 받을 가능성이 있는 법인·개인사업자
- 정기조사를 앞두고 미리 대비하고 싶은 기업의 대표자와 재무·회계 담당자
- 세금계산서 수수 과정에서 거래처 관련 불이익이 걱정되는 사업자
- 세무조사 과정에서 납세자의 권리와 적법절차를 이해하고 싶은 분
- 사업자 세무조사 실무를 알고 싶은 세무·회계·법률 분야 종사자

제1편 세무조사 총론
제1장 세무조사의 의의와 담당 조직
세무조사란 무엇인가요?
국세청 공무원이 하는 조사가 모두 세무조사인가요?
세무조사를 담당하는 조직은? (세무조사를 담당하는 국세청 내 조직)

제2장 세무조사의 절차 개관
누가 세무조사 대상자로 선정되나요? (세무조사 대상자 선정)
국세청이 중복해서 다시 세무조사를 한다면? (중복세무조사)
세무조사 기간은 얼마나 되나요? (세무조사 기간)
세무조사 진행 방법에는 어떠한 종류가 있나요?
세무조사가 시작되는 경우 국세청은 이를 언제 어떻게 알려 주나요?
세무조사 시작 후 세무조사가 실제로 어떻게 진행되나요?
세무조사를 미뤄 달라고 신청할 수 있나요?
세무조사는 주로 어디에서 이루어지나요?
세무조사는 밤이나 주말에도 진행되나요?
세무조사할 때 조사공무원이 사업장의 장부나 서류를 임의로 가지고 가기도 하나요?

제3장 납세자 권리 보호와 조사의 종결, 불복
세무조사 진행 과정에서 부당한 대우를 받았다면 이를 구제받을 방법이 있나요?
세무조사 과정에서 자신의 정보를 세무서로부터 받을 수 있나요?
납세자가 세무공무원의 조사를 방해하거나 협조하지 않는 경우에는 어떤 불이익이 있나요?
세무조사 도중 세법상 쟁점에 대해 납세자와 세무공무원 간에 이견이 있을 경우 이를 해결할 수 있는 제도가 있나요?
세무조사는 어떠한 방식으로 마무리되나요?
세무조사 결과에 승복하지 못하는 경우 구제절차가 있나요?(과세전적부심사청구)
과세전적부심사 청구에서 주장이 받아들여지지 않아 고지서를 받게 된 경우, 이후 불복 절차는 어떻게 되나요?

제2편 법인사업자 세무조사
제1장 법인세 조사의 개요
법인세 조사란 무엇이며, 평소 받는 신고 검토와는 어떻게 다른가요?
국세청은 왜 법인에 대해 세무조사를 실시하나요?
법인세 조사를 통해 과세관청이 확보하려는 자료는 어떤 것인가요?
법인세 조사를 받게 되면 어떤 결과로 이어지나요?
법인 세무조사는 실제로 얼마나 이루어지며, 최근 운영 방식은 어떻게 달라지고 있나요?

제2장 법인세 조사대상자 선정
법인세 조사대상자는 어떤 기준으로 선정되나요?
신고성실도 평가란 무엇이며, 어떤 자료를 토대로 이루어지나요?
신고성실도 분석시스템(CAF)은 어떤 항목을 분석하나요?
국세청은 어떤 탈루 유형을 신고성실도 평가에 반영하나요?
정기조사 대상자는 어떻게 선정되나요? (5년 주기 순환조사 원칙)
장기간 세무조사를 받지 않은 법인도 정기조사 대상이 되나요?
비정기조사(수시조사)는 어떤 사유로 시작되나요?
탈세제보가 들어오면 반드시 조사가 이루어지나요?
부분조사는 어떤 경우에 실시되나요?
동일 법인이 정기조사와 비정기조사 대상에 중복 선정될 수 있나요?

제3장 법인세 조사의 시작과 진행
조사계획은 어떻게 수립되나요?
조사 기간은 며칠이며, 어떤 기준으로 정해지나요?
일자리 창출기업에 적용되는 조사 유예제도란 무엇인가요?
사전준비조사란 무엇이며, 어떤 자료가 사전에 분석되나요?
조사 사전통지서는 언제 받게 되며, 어떤 내용이 담겨 있나요?
정기조사 사전통지를 받은 뒤 오리엔테이션은 어떻게 진행되나요?
비정기조사의 경우 사전통지가 생략될 수 있나요?
조사 첫날 조사관이 가장 먼저 요구하는 자료는 무엇인가요?
조사 진행 중 변호사·세무사의 조력은 어떻게 받을 수 있나요?
조사관이 요구하는 모든 자료를 다 제출해야 하나요?
장부·서류의 일시보관은 어떤 경우에 이루어지며, 반환은 언제 받나요?
통합조사 도중 조사범위가 확대되는 경우는 언제이며 어떻게 대응하나요?
조사 일시중지나 조사 중지를 신청할 수 있나요?
중간설명제도와 납세자 과장면담제도는 어떻게 활용하나요?
통합조사 시 원천징수이행사항(이자·배당·사업·기타·퇴직소득)도 함께 조사되나요?
거래처에 대한 동시조사가 함께 진행될 수 있나요?

제4장 법인세 조사의 종결
조사가 끝나면 결과는 어떻게 통지되나요?
조사결과 통지서를 받은 뒤 며칠 안에 무엇을 결정해야 하나요?
과세전적부심사는 무엇이며, 언제 활용하는 것이 효과적인가요?
법인세 결정·경정은 어떤 기관에서 누구의 결정으로 이루어지나요?
실지조사와 추계조사는 어떻게 다른가요?
추계조사는 어떤 사유가 있어야 실시되나요?
추계조사 결과 사외유출된 소득은 누구의 소득으로 처분되나요?
소득금액변동통지서는 누구에게, 어떻게 송달되나요?
소득금액변동통지를 받은 법인은 어떤 후속 조치를 취해야 하나요?
가산세에는 어떤 종류가 있고, 어느 정도의 부담이 되나요?
위법한 세무조사가 있었다면 그 처분의 효력은 어떻게 되나요?

제5장 언론보도로 본 법인 세무조사
역외탈세와 사주의 사익편취는 어떤 방식으로 적발되나요? (역외탈세 보도 사례)
특정 업종을 대상으로 하는 기획 세무조사도 이루어지나요? (리베이트 보도 사례)
사주가 회삿돈으로 슈퍼카·별장을 사기도 하나요? (사익편취 보도 사례)
국세청은 세금을 떼먹은 사람의 명단을 공개하기도 하나요?
법인 명의 슈퍼카를 사적으로 쓰면 어떻게 적발되나요? (차량 사적사용 보도 사례)
소위 특별세무조사는 어떤 결과로 이어지나요? (비정기조사 보도 사례)

제3편 개인사업자 세무조사
제1장 거주자의 납세지와 소득세 조사의 관할
개인사업자의 소득세 납세지는 어떤 기준으로 정해지나요?
거주자의 납세지가 불분명하거나, 거주자가 일시 퇴거한 경우 납세지는 어디인가요?
비거주자가 국내사업장을 둔 경우 납세지는 어떻게 정해지나요?
원천징수 소득세의 납세지는 어떻게 정해지나요?
납세지는 어떤 사유로 지정·변경되나요?
사업장이 여러 곳일 때 소득세 조사는 어느 세무서가 관할하나요?

제2장 소득세 조사대상자 선정
개인사업자의 신고성실도 평가는 어떻게 이루어지나요?
정기 조사대상자는 어떤 기준으로 선정되나요? (수입금액 500억 원 기준)
정기조사 면제 대상이 되는 개인사업자는 어떤 경우인가요?
비정기 조사대상자는 어떤 사유로 선정되나요?
비정기조사 과세기간은 보통 몇 년 치가 잡히나요? (3∼5년)
일시보관조사에 의한 비정기조사는 어떤 경우에 이루어지나요?
개인사업자 세무조사는 실제로 얼마나 이루어지며, 정기조사와 비정기조사 중 어느 쪽 부담이 큰가요?

제3장 소득세 조사의 시작과 진행
개인사업자의 조사 기간과 과세기간은 어떻게 정해지나요?
개인사업자는 통합조사가 원칙인가요? (소득세·부가세·원천세 통합)
공동사업자에 대한 소득세 조사는 어떻게 진행되나요?
사업장 관할 세무서가 부가가치세 등 세목별 조사를 함께 실시할 수 있나요?
소득세 긴급조사와 수시부과는 어떤 경우에 이루어지나요?
명의위장사업자로 확인되면 조사는 어떻게 진행되나요?
실사업자가 조사대상에 추가되면 조사범위는 어디까지 확대되나요?
개인사업자에 대한 과세자료는 어떻게 처리되나요?
개인사업자의 자료제출 범위는 어디까지인가요? (사업장과 자택, 가족 명의 계좌 포함 여부)

제4장 소득세 조사의 종결
개인사업자 조사 결과는 어떻게 통지되나요?
공동사업자의 경우 조사결과 통지는 누구에게 이루어지나요?
소득세의 결정·경정은 어떤 방법으로 이루어지나요?
추계조사 결정·경정은 어떤 경우에 실시되나요?
단순경비율과 기준경비율은 어떻게 다른가요?
동업자권형이란 무엇이며 어떤 경우에 적용되나요?
추계로 인정되지 않는 비용은 어떤 것이 있나요?
결정·경정에 따른 세액은 어떤 방식으로 납세자에게 통지되나요?
소득세 조사 결과가 4대보험·건강보험료 부담으로 이어지나요?
종합소득세 추징이 형사고발로 이어지는 경우는 어떤 경우인가요?

제5장 언론보도로 본 개인사업자 세무조사
유튜버·1인 미디어 창작자도 세무조사를 받나요? (유튜버 조사 보도 사례)
현금매출을 숨기는 자영업자는 어떻게 적발되나요? (현금매출 누락 보도 사례)
부동산을 산 외국인도 세무조사를 받나요? (고가아파트 보도 사례)
의사·변호사 같은 고소득 전문직도 조사를 받나요?
온라인·플랫폼에서 번 돈은 어떻게 조사되나요?
연예인·인적용역 사업자도 세무조사를 받나요? (연예인 세무조사 보도 사례)

제4편 사업장별 부가가치세 세무조사
제1장 부가가치세 조사대상자 선정 및 계획수립
부가가치세 조사는 일반 법인·소득세 조사와 무엇이 다른가요?
부가가치세 조사는 왜 사업장 단위로 이루어지나요?
부가가치세 세목별 조사·부분조사는 어떤 경우에 실시되나요?
세금계산서 수수 관련 범칙조사대상자는 어떤 기준으로 선정되나요?
가공세금계산서 범칙조사는 어떤 기준 금액·비율을 적용하나요?
거짓기재 전자세금계산서도 범칙조사 대상이 되나요?
본사가 통합조사 대상이면 사업장별 부가가치세 조사는 어떻게 연계되나요?
세금계산서 관련 범칙혐의 조사 시 거래처에 대한 동시조사도 이루어지나요?
부가가치세 신고는 어떻게 사후 검증되며, 실제로 얼마나 추징되나요?

제2장 부가가치세 조사의 진행
현금수입업종 사업자에 대한 조사는 어떻게 진행되나요?
유통과정 문란업종에 대한 조사는 어떤 방식으로 이루어지나요?
일반 사업자의 매출·매입 항목별 조사에서는 무엇을 점검하나요?
국민주택규모 이상 건설용역의 과세매출 누락은 어떻게 적발되나요?
영세율 매출은 어떤 자료로 검증되나요?
부가가치세 대리납부 의무 누락은 어떻게 발견되나요?
개인용도로 사용한 신용카드 매출전표를 매입세액공제 받으면 어떻게 되나요?
'사실과 다른 세금계산서'는 어떤 기준으로 판단되나요?
자료상으로부터 받은 세금계산서를 매입세액 공제받을 수 있나요?
선의·무과실의 거래당사자로 인정받으려면 어떤 점을 입증해야 하나요?
위장거래와 가공거래는 어떻게 다른가요?
거래상대방이 자료상으로 고발된 경우 우리 사업장은 어떤 불이익을 받나요?
세금계산서 수수의무 위반은 조세범 처벌법상 어떻게 처벌되나요?
특정범죄가중처벌법이 적용되는 가중처벌 사례는 어떤 경우인가요?
세금계산서 관련 범칙조사의 일시보관조사는 어떻게 진행되나요?

제3장 세금계산서 수수의무 위반 범칙조사의 종결
범칙조사 결과는 어떻게 보고되나요?
조사관서장의 범칙 확증 유무 심사는 어떤 절차로 이루어지나요?
통고처분과 범칙처분은 어떻게 다른가요?
범칙조사 결과 통지서에는 어떤 내용이 담기나요?
양벌규정에 따라 사업주도 처벌받게 되나요?
자료중개행위자에 대해서는 어떤 조치가 이루어지나요?
세금계산서 거래형태별 범칙행위가 경합하는 경우 어떤 조항이 적용되나요?
명의대여 행위에 대해서는 어떤 범칙처분이 이루어지나요?
자료상 확정자로 결정되면 사업자등록은 어떻게 되나요?
범칙조사 결과는 거래처에 어떤 영향을 미치나요?

제4장 언론보도로 본 세금계산서 범칙조사
'폭탄업체'와 자료상은 실제로 어떻게 적발·처벌되나요? (자료상 보도 사례)
거짓 세금계산서를 받은 사람은 어떤 처벌·불이익을 받나요?
부가가치세 신고검증에서는 어떤 잘못이 자주 적발되나요? (신고검증 보도 사례)
자료상 범죄조직은 실제로 어떻게 적발·처벌되나요? (자료상 보도 사례)

강병욱 ● 서울대학교 경제학부 졸업 및 행정대학원 석사
● 고려대학교 법학전문대학원 졸업
● 제46회 행정고시 재경직 합격
● (전) 중부지방국세청 조사3국 사무관
● (전) 국세청 법규과 사무관(국세기본법, 조세범처벌법 담당)
● (현) 법률사무소 진영 대표 변호사